L'École de la fonction publique du Canada a été créée le 1er avril 2004, lors de l'entrée en vigueur des dispositions législatives de la partie IV de la Loi sur la modernisation de la fonction publique Lien externe.
L'École fait partie du portefeuille du Conseil du Trésor depuis juillet 2004.
L'École est le fruit de la fusion des trois organismes suivants : le Centre canadien de gestion, Formation et perfectionnement Canada et Formation linguistique Canada.